這樣導致牛糞到處亂堆亂放，尤其在南方，每到夏季，臭氣沖天，既對周邊居民的正常生活造成不良影響，同時牛糞又是多種細菌病原體孳生繁殖的源頭，對養(yǎng)殖群體有著嚴重的影響。另外，生牛糞上地，它產(chǎn)生熱量，消耗土壤氧氣，導致燒根燒苗，還對寄生蟲的卵、病源微生物起到傳播作用。因而，牛糞處理顯得十分重要。

牛糞的用途很多，以前直接發(fā)酵后做農作物的基肥，可以變糞為寶，加工成有機肥，從而獲取較高的效益。利用牛糞加工有機肥，要把牛糞晾曬或瀝干，使其水分控制在85%以下，然后加入秸稈末，牛糞和秸稈末的比例為7:3，使原料（牛糞）、輔料（秸稈末）的碳比控制在23～28，含水量控制在52%～68%。后再加入有機肥發(fā)酵腐熟劑。

干燥法分為自然干燥法和機械干燥法。自然干燥法是將新鮮牛糞單或摻入一定比例的糠麩拌勻后，攤在水泥地面或塑料布上，隨時翻動，讓其自然風干、曬干，然后粉碎，摻到其他飼料中飼喂。此法成本較低，操作簡便，但受天氣影響大，且易造成環(huán)境污染。機械干燥法是采用相關設備進行干燥，可達到去臭、滅菌等目的，也是應用較廣泛的干燥法。此外，新型微波處理動物糞便也是較有效的飼料化處理技術。
用牛糞做原料生產(chǎn)有機肥，成本小，質量比較穩(wěn)定，市場銷間很大。但傳統(tǒng)堆漚的方法，不僅發(fā)酵速度慢，而且還不能讓牛糞腐熟，施入農田后易發(fā)生“二次發(fā)酵”，造成燒根燒苗的現(xiàn)象。因此，牛糞在發(fā)酵時需加入金寶貝微生物肥料發(fā)酵劑，發(fā)酵速度快，一般3～7天即可完成牛糞的脫臭、發(fā)酵腐熟、殺蟲滅菌過程。發(fā)酵出的有機肥，肥效好，使用安全方便，不會造成燒根燒苗現(xiàn)象，還能培肥地力，提高化肥利用率等。據(jù)有關資料顯示，2007年生物有機肥在肥料銷售總額中僅占2%，隨著有機肥的諸多優(yōu)勢逐步被人們認可，再加上國家政策的支持，估計，未來市場有機肥銷售額將以每年5%的速度增長。到2010年有機肥的銷售值將達到90億元，到2015年將達到150億元。
分解法，又稱昆蟲法，是利用蠅、蚯蚓和蝸牛等低等動物分解糞便，達到既提供動物蛋白質又能處理糞便的目的。例如用牛糞養(yǎng)蚯蚓，據(jù)測算，每平方米培養(yǎng)基可收獲鮮蚯蚓1.5萬～2萬條，約30～40kg。生產(chǎn)的蚯蚓是的動物蛋白，用于釣魚餌料，還可用于醫(yī)藥等行業(yè)；蚯蚓糞是的有機肥，可作為種植蔬菜、花卉、果樹、煙草等的有機肥料，且對環(huán)境不產(chǎn)生二次污染。
牛糞簡單化處理后用來育蛆，然后再用蛆喂雞，這既可提高雞的增重，也可滿足產(chǎn)蛋雞所需的動物飼料蛋白。據(jù)統(tǒng)計，100只雞每天可增加產(chǎn)蛋1kg，全年可增加產(chǎn)蛋量100kg，增加收入3000元，育蛆后的牛糞仍可作肥料施用，其肥效也不減。分解法比較經(jīng)濟，生態(tài)效益顯著。但由于前期糞便滅菌、脫水處理和后期收蠅蛆、飼喂蚯蚓、蝸牛的技術難度較大，加上所需溫度較苛刻，而且難以全年生產(chǎn)，故尚未得到大范圍的推廣。